顺应潮流:仅血浆ctDNA-MRD检测的应用发展前景!

2022-02-07 06:23:12 来源:
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"为了让性被扩展到MRD扫描的同一时间瞻性是具体的,期盼这些实质性将继续大大提极高下一代MRD扫描的官能能。"

乳腺癌的MRD扫描是一种速度快且特异的运用于系统对乳腺癌病征血清内都源官能脱氧核糖核酸(如ctDNA)相对数量的分析方法。在这种状态下,病征没有人眼可见的恶性肿瘤,但确实不存在规格药理学图片分析方法无法扫描到但事与愿违时会致使乳腺癌患上的非常大恶性肿瘤。

MRD,常称之为非常大完好无损恶性肿瘤(Minimal Residual Disease)。运用于“Minimal” (非常大)这个含义,是因为它在文献和药理学研究专家内都越来越常用。不过,“Minimal”这个含义或许不具“误导官能”,因为低极高度的发炎在药理学表现和疗法决策方面也或许不具重要含义。“Measurable”(可测量)一含义可越来越精确地描述完好无损在医护人员体内的免疫细胞的不存在。NCCNGuide同时运用于了“Minimal Residual Disease”(非常大完好无损恶性肿瘤)和“Measurable Residual Disease”(可测量完好无损恶性肿瘤)两个术语。

此部份,可行官能统计分析说明在分子可极高度上扫描多种乳腺癌类别的ctDNA同样不具药理学效用,文献和药理学研究专家有时也时会运用于“Molecular Residual Disease”(分子可完好无损恶性肿瘤)一含义。

近年来,国内部份在也就是说内都基于ctDNA的MRD指标(ctDNA-MRD)的药理学信息和证据越来越多,开启了也就是说糙MRD扫描的热卖。也就是说糙ctDNA-MRD扫描的技术流派主要有两大类:

1)Tumor-informed assays(知情统计分析)

对原发秘密组织顺利完成人类序列计划以断定病征的特异序列组相异图解,然后结构设计核苷酸定制panel或运用于固定panel顺利完成个官能解构的ctDNA扫描统计分析。

2)Tumor-uninformed assays(不知情统计分析)

也可以称之为Tumor-agnostic assays或Tumor-naïve assays,即无需原发秘密组织,数依赖于一组预先拟定核苷酸/探针结构设计的与乳腺癌类别相关的固定panel顺利完成ctDNA扫描统计分析,常在扫描ctDNA突变的同时,辅以ctDNA为了让性或片断组学等都能学分析方法。弥补了秘密组织缘果推断太少或系统对底物太少或TAT过长等问题。

Tumor-informed assays的技术方针越来越符合标准大众的认知,在保证极高特异官能的同一时间提下,可通过系统对多底物的sample-level(缘果推断极高度)大幅度大大提极高其速度快度,技术门槛相对来说不是同样极高。Tumor-uninformed assays的技术方针越来越类似于年同一时间筛,通过大大提极高site-level(底物极高度)扫描速度快度并辅以ctDNA为了让性或片断组学并缘合机器学习算法大幅度大大提极高其速度快度和特异官能,技术门槛相对来说较极高。

2021年4同年29日,《Clinical Cancer Research》Skype撰写了“数运用于血清ctDNA扫描缘直肠癌病征非常大完好无损恶性肿瘤(MRD)”的文中,首次公开了Guardant Reveal的统计分析信息:MRD扫描速度快度达到91%,特异官能达100%,这些辨认出支持了数血清ctDNA-MRD扫描(Tumor-uninformed assays)的潜在药理学分析方法。

2021年8同年13日,《Clinical Cancer Research》Skype撰写了“顺应潮流:数血清ctDNA-MRD扫描的分析方法同一时间景”的文中,在这内都统计分析者们辩论指标了数血清ctDNA扫描MRD的能力,以及将为了让性定位到ctDNA扫描的潜在某种程度。2

Parikh及其密切合作者1 和Taieb及其密切合作者3 辩论了数血清ctDNA-MRD扫描在缘直肠癌(CRC)病征内都的潜在药理学分析方法。

▲ ctDNA为了让性和突变在两项统计分析内都的分析方法比较(Parikh和Taieb)

缘直肠癌(CRC)的疗法数数面临着一个挑战,即较多的CRC病征因年同一时间期性疾病患上而过年同一时间幸存者。尽管药理学采行了规格的专用疗法,但极高风险IIIC期CRC病征的5年生存率也数有53%,却是是没有辨认出图片学上未扫描到的非常大完好无损恶性肿瘤(MRD)。4

目同一时间,仍迫切需精确相符哪些病征术后不存在MRD,以帮助教导减小或减小专用疗法,并减小治愈的或许官能,同时适度地减小不必要疗法的相关毒官能。

在过去的几年内都,我们对ctDNA在CRC病因和药理学表现内都的分析方法有了广泛的明白。目同一时间,基于ctDNA的MRD指标正广泛分析方法于乳腺癌的疗法内都。

ctDNA是由DNA的短片断构成(大约130-150bp),由免疫细胞通过突变、坏死或腺体释放到消化道内都。 ctDNA的放射官能较短都因其被选为敏感的实时负荷圣万,它的不存在或许反映了图片学上看不见的旋转移。

在治愈官能疗法缘束后,ctDNA内都再次出现的胚胎突变对随后的图片学患上不具较极高的阳官能预测价值,同样是当这些突变与切掉的秘密组织内都的突变相匹配时。扫描这种ctDNA假设的MRD可以在I-III期CRC内都提同一时间图片学数同年预测患上,从而为一组事与愿违时会患上的CRC病征缺少一个指标一新疗法的车站内。然而,这些ctDNA经济制度突变假设的MRD扫描分析方法的速度快度数数是有限的,迫切需改进其扫描官能能。

ctDNA的为了让性扫描优于ctDNA的经济制度突变扫描。ctDNA的为了让性所致在CRC内都极为常见,并被视为大多数异位的年同一时间期阶段。这种为了让性,具体假设为DNA内都胞嘧啶的C5位置添加甲基基团,缓冲附近序列的表示,还包括当今的抑癌序列失活。与经济制度突变相比,CRC内都不存在越来越多的为了让性所致区域,为大大提极高MRD扫描的速度快度缺少了机时会。SEPT9,就是第一个利用血清扫描单序列为了让性所致顺利完成筛查和年同一时间期扫描CRC的分析方法。尽管ctDNA为了让性有这些优点,但这些不尽相同的特官能也需认真,以保持扫描统计分析的特异官能,并尽量减小骗阳官能的或许官能。

在这种着重下,Parikh和Taieb的更进一步最一新统计分析缘果为我们对ctDNA官能能的认知缺少了有用的补充,即无需原发秘密组织,数通过血清ctDNA为了让性或联合ctDNA突变即可顺利完成精确的MRD指标。与其他需对原发秘密组织顺利完成人类序列计划以教导后续ctDNA统计分析的扫描并不相同,更进一步统计分析探讨了Tumor-uninformed assays的有效官能,它有几个占优势,还包括较慢的TAT,降低初始成本,对秘密组织太少或不需用的病征顺利完成系统对。

Parikh等人缺少了一种ctDNA为了让性缘合ctDNA经济制度突变的固定panel顺利完成MRD的统计分析指标(NGS分析方法),与其他商业性上需用的MRD扫描分析方法相比,这种分析方法不需切掉的秘密组织以及定制解构。在事与愿违疗法后运用于时,这种数血清ctDNA-MRD扫描对患上不具药理学含义的特异官能(100%)和速度快度(55.6%),通过定位表征序列组外观上和垂直系统对统计分析,其速度快度可大幅度大大提极高至91%。1 该分析方法被运用于打算顺利完成的同一时间瞻官能统计分析,还包括教导IIA期缘肠癌疗法决策的NRG密切合作组统计分析(NCT04068103)。虽然还需额部份的信息集来正确性这些辨认出,但这些缘果证明了基于ctDNA的MRD扫描在不知情的情况下可接纳的扫描官能能外观上。

Taieb等人的统计分析利用了一对先同一时间被证明是CRC切掉后药理学表现相关的为了让性序列标上物WIF1和NPY(ddPCR分析方法),并将它们分析方法于PRODIGE-GERCOR IDEA-France试验中,将III期CRC病征随机分为3个同年 vs 6个同年的专用解构疗。在对出席III期试验中的III期CRC病征顺利完成的首次ctDNA-MRD指标内都,有13.8%的病征术后为ctDNA-MRD阳官能,并被确认为独立的药理学表现圣万。3 同时,统计分析者也引述,与其他采行NGS分析方法的ctDNA-MRD统计分析相比,本统计分析内都ctDNA的阳官能率较低。速度快度和PPV同样大于NGS扫描缘果,ctDNA-MRD阳官能和阴官能的5年DFS则有65%和73%,尽管专用疗法的和不理想的同一时间统计分析缘果推断管控就时会对这些缘果产生影响。该分析方法在在的是其相对简单,极为低的成本和潜在的重现官能,不需商业性扫描内都所见的专利扫描分析方法。打算顺利完成的同一时间瞻官能统计分析将促使指标数血清ctDNA扫描是否能够精确指标MRD,以便对CRC病征顺利完成风险顶层,并教导专用疗法决策。

无论采行何种分析方法,数用血清ctDNA-MRD扫描来教导CRC病征的疗法不得不,需精确且精确的扫描分析方法。需大幅度大大提极高数血清ctDNA-MRD扫描的速度快度来相符哪些病征可以从疗法降回内都讨价还价,以避免不恰当地为了让极高危病征接纳较低精确度的疗法。Parikh及其密切合作者的统计分析缘果推断,定位序列组和表征序列组以及垂直血清系统对,可很大大大提极高数血清ctDNA-MRD的速度快度。相比之下,ctDNA-MRD扫描的极高特异官能对于ctDNA作为一个完整的生物圣万来相符疗法升级是至关重要的。由于特异官能太少,骗阳官能的ctDNA-MRD就时会使病征接纳不必要的强解构疗法。Parikh及其密切合作者的统计分析缘果证明,除经济制度突变部份,还可以通过缘合表征序列组为了让性外观上的统计分析来保持特异官能。Taieb等人的统计分析分析方法的占优势在于大大提极高了药理学外观上的速度快度和药理学表现,但是,正如统计分析者拒绝接纳的那样,单独的两个序列为了让性标上或许无法缺少与缘合经济制度突变分析方法的官能能外观上。重要的是,这项兼职也凸显了规格解构统计分析同一时间条件的重要官能,因为各种浓缩分析方法可以在很大程度上影响ctDNA的得率和完整官能。在愿景的统计分析内都,这些统计分析同一时间的回避将变得越来越重要。

为了让性被扩展到MRD扫描的同一时间瞻性是具体的,期盼这些实质性将继续大大提极高下一代MRD扫描的官能能。总之,数血清ctDNA-MRD的扫描缺少了一个独特的机时会,运用于一种无创分析方法来探索疗法方案,并有或许根除极高危病征的旋转移官能恶性肿瘤。这些统计分析缘果无疑为愿景ctDNA-MRD教导的同一时间瞻官能药理学试验中铺平了干道。

MRD,数数是一个较慢蓬勃发展的行业,我们预计近两年就时会再次出现一新的证据,要么推断出MRD扫描的药理学效用的局限官能,要么推断出MRD扫描的其他占优势和一新用途。

参考资料:

1.Parikh Aparna R,Van Seventer Emily E,Siregna Giulia et al. Minimal Residual Disease Detection using a Plasma-Only Circulating Tumor DNA Assay in Colorectal Cancer Patients.[J] .Clin Cancer Res, 2021, undefined: undefined.

2.Bent A, Kopetz S. Going with the Flow: The Promise of Plasma-Only Circulating Tumor DNA Assays. Clin Cancer Res. 2021 Oct 15;27(20):5449-5451.

3.Taieb Julien,Taly Valerie,Henriques Julie et al. Prognostic value and relation with adjuvant treatment duration of ctDNA in stage III colon cancer: a post-hoc ysis of the PRODIGE-GERCOR IDEA-France trial.[J] .Clin Cancer Res, 2021, undefined: undefined.

4.Benson Al B,Venook Alan P,Cederquist Lynette et al. Colon Cancer, Version 1.2017, NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology.[J] .J Natl Compr Canc Netw, 2017, 15: 370-398.

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